Κάποιες φορές μετά από μία απονεύρωση η βλάβη στο δόντι μπορεί να μην επουλωθεί. Το δόντι μπορεί να αρχίσει να πονάει ξανά, μήνες ή ακόμα και χρόνια μετά από μία φαινομενικά επιτυχημένη θεραπεία. Σε αυτές τις περιπτώσεις όπου η απονεύρωση δεν πέτυχε ή η επανάληψη της δεν είναι εφικτή ενδείκνυται η λεγόμενη χειρουργική επέμβαση ακρορριζεκτομής ή εκτομή του άκρου της ρίζας. Σε αυτή τη διαδικασία απομακρύνεται η φλεγμονή ή σε προχωρημένες περιπτώσεις η κύστη που περιβάλλει το άκρο της ρίζας και αφαιρείται ένα πολύ μικρό κομμάτι από την άκρη της ρίζας. Κατόπιν τοποθετείται μια ποσότητα ειδικού εμφρακτικού υλικού στην άκρη της ρίζας προκειμένου αυτή να σφραγιστεί. Αυτό το υλικό όχι μόνο σφραγίζει το άκρο της ρίζας ερμητικά για να μην έχουμε επαναμόλυνση του ριζικού σωλήνα, αλλά έχει και την ικανότητα να δίνει ερεθίσματα στα κύτταρα του οργανισμού, ώστε να δημιουργείται ξανά το οστό το οποίο έχει καταστραφεί. Φυσικά η 100% επιτυχία της ακρορριζεκτομής δεν είναι κάτι που μπορεί κάποιος να εγγυηθεί. Σίγουρα όμως η σωστή εκτίμηση των προϋποθέσεων και η σωστή διαλογή του εκάστοτε περιστατικού από τον ειδικό μπορεί να οδηγήσει σε διατήρηση ενός υγιούς και λειτουργικού φυσικού δοντιού αποφεύγοντας μια εξαγωγή και ότι αυτή συνεπάγεται για την αντικατάσταση του δοντιού.